南京农业大学研究生院确立于1993年，是国家级农业高水平重点建设学科，是国家级农业人才教育培育模式创新实验区，是硕士研究生与博士研究生的培育机构。现在，研究生院下设7个教学部、1个研究生治理办公室，肩负南京农业大学所有硕士研究生和博士研究生教学、治理事情。
研究生院拥有一支教授、硕士研究生导师和博士研究生导师队伍，其中，国家精采青年科学基金获得者1人，教育部“长江学者”特聘教授1人，江苏省“双创人才”1人。研究生院课程设置厚实，涵盖10大学科门类，同时还配有课外学术流动项目、职业生涯生长课程、企业走访实习、外洋交流等实践性课程。
